突如全世界に青い雨が降り、
強い衝撃と共に7割の生物は消滅した。
しかし人類が絶滅したわけではなかった。
運良く生き残った者達は互いに手を取り、
滅びた世界を生き抜いていた。

発見されたサーバーには崩壊前の人類54億人分の[記憶データ]が格納されていた。
ネットワークとは隔離され、ハードの中で静かに眠っている記憶…
さらにデータは暗号化された複数のセキュリティーで守られていた。

同時期に、唯一地上で稼働しているネットワークが発見される。
そのネットワーク上には無数のメタバースワールドが存在し、記憶から切り離され、人格のみが移植されたアバター達が何も知らずに新しい人生を送っていた。

生き残った「旧人類」はこの２つのデータを結合し、人類を復活させる方法を探る。
[人類救出作戦]と称し、アバターになって仮想世界で戦うライトナーというチームが各地で結成される。

人類崩壊から1年後、突然ネットワーク内でデータの破壊が起きる。
いくつかのメタバースワールドが破壊され、1億人分の人格データが削除される。
各国のライトナーはネットワークへアクセスし、調査にあたる。

複数のメタバースワールドにも破壊が広がり被害が及ぶ。
調査の結果から正体は人類を崩壊に追いやったプログラムの断片の暴走と判明する。

データ破壊が日本エリアのメタバースワールド「メタグンマ帝国」にも発生。
日本で活動していた「ライトナー」の各チームはこれを停止させるため集結する。
主人公のゲン達もこの連絡を受け、データ化された新人類を救うため、ネットワークの世界へ出動する。